1853年（嘉永6）のペリー来航を契機に幕府は外交・軍事面の充実を図り、その一策として洋学を取り扱う機関の設置を計画した。
55年（安政2）洋学所という仮称のもとに頭取（とうどり）古賀謹一郎を中心として準備が開始され、56年蕃書調所という名で開業、57年1月授業も開始された。
同所の任務には、洋書洋文の翻訳・研究、洋学教育、洋書・翻訳書などの検閲、印刷・出版、一部の技術伝習があり、これを担当する教授方には、箕作阮甫（みつくりげんぽ）、杉田成卿（せいけい）、松木弘安（こうあん）（寺島宗則（むねのり））、村田蔵六（ぞうろく）（大村益次郎）ら著名な洋学者が任ぜられた。
当初、設置科目は蘭学（らんがく）1科であったが、60年（万延1）より62年（文久2）にかけ、英・仏・独の外国語、および精煉（せいれん）・器械・物産・数学などの科学技術部門諸科が次々に開設された。
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1877年（明治10）4月12日創立。
その起源は、1856年（安政3）江戸幕府設立の蕃書調所（ばんしょしらべしょ）（洋書調所、開成所と変遷）と江戸在住の蘭方（らんぽう）医師たちにより1858年に設けられた種痘所（西洋医学所、医学所と変遷）にまでさかのぼる。明治維新後、両校は新政府により復興され、1869年（明治2）大学（本）校（昌平坂（しょうへいざか）学問所を再興）のもとに開成学校、医学校が統合された。
同年12月、大学（本）校が大学と改称したのに伴い、大学南校、大学東校と改称した。
しかし、大学が国・漢・洋学派の抗争で廃止された結果、両校は単に南校、東校と称し、新政府の直轄洋学教育機関として発展する。
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その後、南校は第一大学区第一番中学、開成学校、東京開成学校、他方東校は第一大学区医学校、東京医学校と変遷し、1877年東京大学として合併された。