1877年（明治10）4月12日創立。
その起源は、1856年（安政3）江戸幕府設立の蕃書調所（ばんしょしらべしょ）（洋書調所、開成所と変遷）と江戸在住の蘭方（らんぽう）医師たちにより1858年に設けられた種痘所（西洋医学所、医学所と変遷）にまでさかのぼる。明治維新後、両校は新政府により復興され、1869年（明治2）大学（本）校（昌平坂（しょうへいざか）学問所を再興）のもとに開成学校、医学校が統合された。
同年12月、大学（本）校が大学と改称したのに伴い、大学南校、大学東校と改称した。
しかし、大学が国・漢・洋学派の抗争で廃止された結果、両校は単に南校、東校と称し、新政府の直轄洋学教育機関として発展する。
その後、南校は第一大学区第一番中学、開成学校、東京開成学校、他方東校は第一大学区医学校、東京医学校と変遷し、1877年東京大学として合併された。